1. Les systèmes informatiques et systèmes d'exploitation 2H CM G. Deléage 1.1 Les machines
1.2 Les systèmes d'exploitation
1.3. Le réseau Internet
1.4 Les outils d'accès et les procédures standard Telnet, FTP, WWW 2. Statistiques 34 Heures (12 H CM, 14H TD, 8H TP) D. Mouchiroud & E. Fromont

                Contacter D. Mouchiroud

3. Analyse de séquences protéiques. Modélisation moléculaire (14H CM /8 H TP) G.Deléage

3.1 Les banques de données biologiques 3.1.1 Croissance et mise à jour
3.1.2 Les méthodes d'interrogation des banques de séquences 3.2.Techniques de comparaisons de séquences 3.2.1 La recherche de motifs et de signatures (PROSITE) Principe – Applications - Exemples 3.2.2 La comparaison de 2 séquences (Matrice de points-Diagon de Staden) Principe - Exemples 3.2.3 Les recherches d'homologie d'une séquence avec les banques Fasta - Principe - Exemples
Blast - Principe - Exemples 3.2.4 Les techniques d'alignements des séquences Programmation dynamique - Exemples 3.2.5 Les techniques de profils physico-chimiques (hydrophobicité, flexibilité, accessibilité,antigénicité,...) Principe - Exemples 3.2.6 Les méthodes prédictives de structure de protéines Les méthodes statistiques
La théorie de l'information
Les méthodes empiriques
Les méthodes homologiques
Les méthodes d'apprentissage 3.2.7 La combinaison de méthodes
3.2.8 Exemples d’applications 3.3 Modélisation moléculaire 3.3.1 Le graphisme moléculaire
3.3.2 La Protein Data Bank Le fichier PDB – Description-Utilisation
Les systèmes d'interrogation 3.3.3 Les principes de visualisation des molécules en 3D Les visions stéréoscopiques
L'animation 3D 3.3.4 Calcul d'énergie d'une protéine Les champs de force
Les techniques de minimisation d'énergie
La dynamique moléculaire
Comparatif des programmes 3.3.5 La modélisation homologique Conditions d'application
Limites
Exemple 3.3.6 La modélisation sous contraintes expérimentales (RMN) Les données RMN
Les contraintes
Le scénario général
La géométrie des distances
La régularisation des structures
Exemples pratiques 3.3.7 Critères d'évaluation de la qualité des structures La superposition de structures
Ecart quadratique moyen entre les structures
Les liaisons hydrogènes
Le diagramme de Ramachandran
Le facteur d'affinement R
Les programmes d'évaluation
Exemples pratiques Les 2 travaux pratiques proposés (2x4H) sur machines sont :

-TP N°1 "Homologies de séquences - Alignements multiples -Identification de sites fonctionnels"

-TP N°2 "Modélisation moléculaire des protéines"

4. Reconstruction phylogénétique (10H CM et 12H TP) M. Gouy et M. Robinson